تبدأ القصة عند ذهاب المتحري سينشي وخطيبته الى مدينةالملاهي و هناك تحدث جريمة قتل وكان من المشتبهين بهم رجال يرتدون ملابسسوداء و يتمكن سينشي من حل القضية ومعرفة القاتل وفي طريق عودة سينشي ورانالى المنزل رأى سينشي رجل يرتدي ملابس سوداء من الرجلان الذي راهما فيموقع حدوث الجريمة فشكك في امره فتتبعه وكان هؤلاء الرجال يقومون بعمليةمشبوهة فرأى احدهم سينشي فضربه على راسه و اعطاه العقار السام فتقلص جسمهو اصبح طفلا فذهب الى جاره الدكتور اغاسا فاخبره بما جرى وغير اسمه الىكونان ايدوجاوا و الدكتور اغاسا يحاول ان يخفي سر سينشى فيطلب من ران انتأخد كونان ايدوجاوا ويعيش معها و مع والدها المتحري توغو موري ليبحث عنالعصابة ذات الملابس السوداء ويأخذ الدواء المضاد ليعود الى حجمه الحقيقيويساعد المتحري توغو موري في حل الجرائم المعقدة بمساعدة اختراعات الدكتوراغاسا ويذهب الى مدرسة تيتان الابتدائية ويتعرف على اصدقاء و يكون معهمفرقة تسمى فرقة المتحرين الصغار.